关于宅基地使用权的行使，与宅基地使用权的取得一样，有些问题争议性很大，又因为中国东南地区与西北地区的土地供求形势不同，以及各地农民的贫富程度不同，经过了反复讨论研究，也不好搞全国“一刀切”，最后仍然搁置下来，交给特别法和地方法来调整。
二、宅基地使用权取得的相关技术性问题
宅基地使用权取得的相关技术性问题，主要体现在以下三个方面：
第一，农村宅基地使用权也属于建设用地使用权的一个品种，是否需要如城市的建设用地使用权一样设定地表权、地上权和地下权？
这个问题很重要，因为涉及到是否违章建筑的大是大非问题。从多年来的法律实践来看，许多城市郊区和城中村的宅基地使用权，与国家出让的建设用地使用权一样，也一律实行建设用地使用权分层制度，收到了良好的效果。
物权法草案的修改，从第一稿到第八稿，基本上忽视了这一重大问题。出台后的物权法建设用地使用权一章未提及，宅基地使用权一章也未提及。可能是有意无意地回避这一问题。
全国城乡一律实行建设用地使用权分层制度，难度并不太大。只要在宅基地审批、审核、规划与登记时加以把关就成就了。
第二，农村宅基地使用权是否实行有偿使用制度？如何实施实行有偿使用制度？
这个问题很重要争议性也很大。1990年***批文搞了有偿使用试点，1993年中央发文不搞有偿使用制度。但是物权法从第一稿到第八稿讨论和审议过程中，总是争论这个问题。
1.无偿使用的意见
一种意见认为，宅基地使用权是村民最基本的居住保障，集体经济组织成员应当无偿取得。
以上意见是有根据的。1997年7月为了减轻农民负担，中共中央办公厅、***办公厅出台的《关于涉及农民负担项目审核处理意见的通知》中规定，取消农村宅基地有偿使用收费和农村宅基地超占费。
在此之前，有***批转国家土地管理局文件，已经明确规定了农村宅基地有偿使用收费和农村宅基地超占费问题，实际执行起来发生困难与冲突。其中，某些城市的城乡结合部，村组内部一地难求，经济合作社或者经济联社自行拍卖宅基地，并且拍卖到相当高的价格。这种情形一直持续到现在，可能是有关乡镇审批部门予以默认的缘故。
所谓乡镇，与农村经济总社有利益连带关系―即既有最低一级政府的公务员关系，又有所谓“农村集体”的关系。可惜的是，有些法学专家学者，在讨论修订物权法草案时，没有注意到这一点。
2.有偿使用的意见
另一种意见认为，现在农村存在分配不均、批少占多等问题，无偿取得宅基地，既无法满足农民群众改善居住条件的需要，也影响了集体经济组织的收益。宅基地应当有偿使用。
以上意见也是有根据的。1990年，***批转国家土地管理局《关于加强农村宅基地管理工作请示》的通知，提出：进行农村宅基地有偿使用试点，确定宅基地有偿使用收费标准时，对在规定标准以内的，既有体现有偿原则，又要照顾群众的经济承受能力，少用少交费，多用多交费；超标准用地的，应规定较高的收费标准；对级差收益较高地段，收费标准要适当提高。宅基地使用费要本着“取之于户，收费适度；用之于村，使用得当”的原则，实行村有、乡管、银行立户制度。专款专用，主要用于村内基础设施和公益事业建设，不得挪作他用。
尽管以上规定被1993年的“两厅”文件所覆盖，某些地区依然照此文件执行，甚至于受到当地市、区政府的认可。某些城市的城乡结合部自行拍卖宅基地盛行，便可见一斑。